厦门新站房位于集美后溪，总投资近11亿元，建设面积为109028平方米，建筑总高度66.78米，最多可容纳旅客5000人。新站房建筑设计采用巨型空间桁架支撑网架结构体系，与造型完美结合，巧妙体现闽南民居的“燕尾脊”意象。

　　平面采取高架候车与线下出站的“上进下出”布局形式，车站竖向分出站层、站台层、高架层三个层面。站房二三层楼面采用钢筋混凝土框架结构，屋面为钢结构，建筑耐火为一级，结构安全等级为一级，抗震设防烈度为7度。

　　厦门新站房及配套工程预计在2009年12月底建成，建成后的厦门新站集综合交通于一体，是现代化高水平的一流车站，鹰厦铁路将与新建成的福厦、厦深、龙厦铁路在此交会，未来这里将成为福建最大的铁路枢纽中心和东南铁路沿海枢纽站。随着厦门铁路网建设的深入，大多客运列车今后将不再进入厦门岛内，现有的厦门站的功能将大部分被厦门新站取代。